San Cosme y Damián también guarda un legado astronómico excepcional. A comienzos del siglo XVIII, el padre Buenaventura Suárez levantó aquí el primer observatorio colonial de Sudamérica. Con telescopios que él mismo fabricaba con la ayuda de los guaraníes, logró cálculos y predicciones de eclipses que sorprendieron a los científicos europeos.

El centro ofrece hoy un planetario que combina ciencia y cosmovisión guaraní, telescopios solares y nocturnos, y un astrolabio que reproduce el movimiento de estrellas y constelaciones como si fuera una computadora mecánica. En el patio de la Misión aún se conserva un reloj solar de sorprendente precisión, hecho en piedra, con cuerpo de piedra y aguja de metal, es lo que queda como testimonio de aquel primer observatorio.

Pero la experiencia no termina durante el día, al caer la noche, el cielo de San Cosme se revela en todo su esplendor. Lejos de toda contaminación lumínica, la Vía Láctea y las constelaciones se dibujan con impactante nitidez. El observatorio permanece abierto todas las noches para observar las estrellas y disfrutar de un viaje emocional.